杀菌剂既能杀死病原体或抑制生长，防治农作物病害，又不妨碍农作物的正常生长，是当前农业生产不可或缺的农药。不过，很多农户在使用杀菌剂时，没有科学合理的使用，导致农作物依然生长不好，出现多种病虫害的结果。
　　按作物品种和病原菌的特征来选用杀菌剂。农民在选用杀菌剂时，常陷入“一药治百病”或是盲目追求高效、广谱的误区，从而针对性不强，达不到预期效果。因此，需要了解作物以及病原菌的生活周期和流行规律，选择合适的杀菌剂，做到对症下药。另外，不能连续使用一种，或是在生长期连续数次用同一类杀菌剂，防治病菌产生抗药性。
　　农作物不同的生长期使用不同的农药杀菌剂。据了解，当前使用农药杀菌剂的方法主要是种苗消毒、土壤消毒和田间喷药。其中，种苗消毒主要由浸种和拌种来完成；土壤消毒之前，需要了解到田间常见病虫害的类型，根据药剂理化性质与土壤性质等，来选择合适的消毒方法；田间喷药是在农作物生长后，针对不同的病害发生和发展规律，作出正确的施药方法。
　　采用田间喷药来进行防治病害，还需要提高用药的质量，以及防治药害的产生。其中，用药质量与配药数量和喷药质量有关，需要按照说明来进行配药，过多会造成浪费和药害，过少达不到用药目的和产生抗性；喷药时需选择质量过关的喷雾器，喷药时要求雾点细密，喷药均匀。