按化学结构类型可分为酰胺类、二羟酰亚胺类、甲氧基丙烯酸酯类、三唑类、咪唑类、恶唑类、噻唑类、吗啉类、吡咯类、吡啶类、嘧啶类、喹（唑）啉（酮）类、氨基甲酸酯类、有机磷类、抗生素类、其他类。

近年来开发的农用杀菌剂除大家熟悉的三唑类外，主要有以下七种类型：吡咯类、甲氧基丙烯酸酯类、苯（苄）胺基嘧啶类、恶（咪）唑啉（酮）类、氨基酸衍生物、酰胺类和其他类等。

这些化合物的特点不仅是活性高、作用机理独特、对环境友好，而且对难防治的病害如霜霉病、稻瘟病、灰霉病、立枯病等病害有特效；尤其是近期开发的酰胺类杀菌剂活性谱有了很大的改观，大多具有广谱的活性。需要指出的是由于种种原因，植物活化剂如活化酯目前尚未得到大规模地应用。活化酯本身无杀菌活性，施药后可激活植物自身的防卫反应即（系统活化抗性），从而使植物对多种真菌和细菌产生自我保护作用，也许随着生物技术的进步以后会为广泛地应用。